XPRIZE Rainforest Brazil (Manaus) Final

Registros biológicos
Última versión publicado por Laboratori d'Aplicacions Bioacustiques - Universitat Politècnica de Catalunya · Barcelona Tech (UPC) el oct. 22, 2024 Laboratori d'Aplicacions Bioacustiques - Universitat Politècnica de Catalunya · Barcelona Tech (UPC)

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Descripción

These data are the result from the final stage (Manaus, Brazil) of the XPRIZE Rainforest competition. During 24 hours data was captured (predominantly audio and eDNA) and it was analyzed during the 48 hours afterwards. The data contains the unique species that were detected at each location through both methods.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 347 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

André M, Esterci Ramalho E, Marquès-Bonet T, Hidalgo Hidalgo S, Erbs F, Storer E, van der Schaar M, Gomes L, Correa Acosta R, Batista Vieira C, Meloni Nassar P, Lizano Gonzalez E, Juan D, Esteban Wenge L, Da Silva Mendoza I, Fernando Saraiva de Menezes J, Sanchez Marrero A, Molina Cruz P, Fugarolas Vilà M (2024). XPRIZE Rainforest Brazil (Manaus) Final. Version 1.0. Laboratori d'Aplicacions Bioacustiques - Universitat Politècnica de Catalunya · Barcelona Tech (UPC). Occurrence dataset. https://doi.org/10.15470/jjbagl

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Laboratori d'Aplicacions Bioacustiques - Universitat Politècnica de Catalunya · Barcelona Tech (UPC). En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 8e86cea4-2c9c-47b2-953c-ce8394cbba13.  Laboratori d'Aplicacions Bioacustiques - Universitat Politècnica de Catalunya · Barcelona Tech (UPC) publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Spain.

Palabras clave

occurrences; Observation; xprize-rainforest; final; manaus; brazil

Contactos

Michel André
  • Proveedor De Contenido
  • Originador
  • Punto De Contacto
  • Director
LAB/UPC
ES
Emiliano Esterci Ramalho
  • Proveedor De Contenido
  • Originador
  • Punto De Contacto
  • Director
IDSM
BR
Tomàs Marquès-Bonet
  • Proveedor De Contenido
  • Originador
  • Punto De Contacto
  • Researcher
UPF
ES
Soraya Hidalgo Hidalgo
  • Originador
  • Administrator
UPC
ES
Florence Erbs
  • Originador
  • Bioacoustician
LAB/UPC
ES
Elizabeth Storer
  • Originador
  • Internship
LAB/UPC
ES
Mike van der Schaar
  • Proveedor De Los Metadatos
  • Originador
  • Researcher
Lidiane Gomes
  • Originador
  • Researcher
IDSM
BR
Riuler Correa Acosta
  • Originador
  • Researcher
IDSM
BR
Camila Batista Vieira
  • Originador
  • Researcher
IDSM
BR
Pedro Meloni Nassar
  • Originador
  • Researcher
IDSM
BR
Esther Lizano Gonzalez
  • Originador
  • Researcher
UPF
ES
David Juan
  • Originador
  • Researcher
UPF
ES
Lucas Esteban Wenge
  • Originador
  • Researcher
UPF
ES
Izael Da Silva Mendoza
  • Originador
  • Researcher
IDSM
BR
Jorge Fernando Saraiva de Menezes
  • Originador
  • Researcher
IDSM
BR
Antonio Sanchez Marrero
  • Originador
  • Researcher
LAB/UPC
ES
Pepe Molina Cruz
  • Originador
  • Drone Operator
UPC
ES
Manel Fugarolas Vilà
  • Originador
  • Drone operator
UPC
ES

Cobertura geográfica

The data was collected at Iranduba, State of Amazonas, 69405-000, Brazil

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-2,96, -60,74], Latitud Máxima Longitud Máxima [-2,95, -60,73]

Cobertura taxonómica

N/A

Reino Metazoa, Plantae
Filo Arthropoda, Annelida, Chordata, Streptophyta
Class Clitellata, Arachnida, Aves, Mammalia, Collembola, Amphibia, Pinopsida, Magnoliopsida, Insecta
Orden Symphypleona, Psocoptera, Dioscoreales, Hemiptera, Sarcoptiformes, Artiodactyla, Galliformes, Passeriformes, Chiroptera, Malpighiales, Apodiformes, Boraginales, Lamiales, Crassiclitellata, Thysanoptera, Nyctibiiformes, Rosales, Galbuliformes, Araneae, Lepidoptera, Cupressales, Diptera, Entomobryomorpha, Trogoniformes, Trichoptera, Tinamiformes, Fagales, Anura, Falconiformes, Myrtales, Orthoptera, Accipitriformes, Columbiformes, Charadriiformes, Hymenoptera, Psittaciformes, Caprimulgiformes, Fabales, Strigiformes, Coraciiformes, Piciformes
Familia Psittacidae, Hypericaceae, Mymaridae, Vireonidae, Thyropteridae, Plantaginaceae, Nyctibiidae, Mydidae, Dendrocolaptidae, Columbidae, Cupressaceae, Picidae, Cracidae, Fringillidae, Momotidae, Emballonuridae, Fabaceae, Glossoscolecidae, Chironomidae, Psittaciformes, Thamnophilidae, Gryllidae, Sciaridae, Tityridae, Phasianidae, Ramphastidae, Erebidae, Caprimulgidae, Isotomidae, Araneidae, Molossidae, Phalangopsidae, Cotingidae, Rhynchocyclidae, Pipridae, Tyrannidae, Laridae, Mogoplistidae, Bovidae, Nyctiibidae, Psocidae, Sarcophagidae, Thraupidae, Bignoniaceae, Trogonidae, Tettigoniidae, Melastomataceae, Vespertilionidae, Cicadidae, Thripidae, Romaleidae, Dolichopodidae, Fagaceae, Boraginaceae, Accipitridae, Cecidomyiidae, Moraceae, Dicyrtomidae, Hirundinidae, Oecanthidae, Strigidae, Trigonidiidae, Bucconidae, Tinamidae, Falconidae, Dioscoreaceae, Apodidae, Chloropidae, Hydropsychidae, Icteridae, TInamidae, Galbulidae, Leptodactylidae, Euphorbiaceae, Thamnophilinae, Pyroglyphidae, Juglandaceae, Formicidae

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2024-07-17 / 2024-07-18

Datos del proyecto

The XPRIZE Rainforest competition is a contest where teams have 24 hours to obtain samples from a 100 ha area, without being able to physically enter the zone. The data was collected by monitoring platforms deployed by remotely operated drones during the first 24 hours of the competition. After the platforms were retrieved the data was analyzed in the subsequent 48 hours to report on the biodiversity and general health of the monitored area.

Título Species identification during the final stage of the 24 hour XPRIZE Rainforest competition in Manaus (Brazil)
Identificador https://www.xprize.org/prizes/rainforest
Fuentes de Financiación The participation in the competition was financed by the participating institutions themselves, with contributions from the XPRIZE when teams advanced to the semi-finals and to the final.
Descripción del área de estudio The Iranduba area near Manaus in the state of Amazonas (Brazil) was selected by the XPRIZE organization, a 100 ha rectangular zone of flooded forest, as defined in the geographic coverage section.
Descripción del diseño The objectives during the 24 hours of data collection were to collect audio recordings and organic material for eDNA analysis from 6 monitoring platforms installed in the tree canopy distributed over the competition area. Separate drone flights were organized to collect additional organic material from various spots in the competition area.

Personas asociadas al proyecto:

Michel André

Métodos de muestreo

Six monitoring stations (DROPs) were deployed covering the 100 ha competition area. Each DROP included a digital microphone sampling continuously at 192 kHz and 16 bits. The acoustic data was preprocessed on the DROP itself (sound level measurements, ecoacoustic indicators, acoustic classification), and processed further after recovery. The DROP also has a few "sticky" zones where organic material (mostly insects) can be collected. The systems were left in the trees during the night and recovered the following morning; all systems needed to be back in the base camp before noon local time.

Área de Estudio The Iranduba area near Manaus in the state of Amazonas (Brazil) was selected by the XPRIZE organization, a 100 ha rectangular zone of flooded forest, as defined in the geographic coverage section.
Control de Calidad For the acoustic classifications an expert verified examples for each species.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. The acoustic data was processed by custom software written in C or Python. The classification was done through a CNN that was trained on data from various sources. In addition, the audio was processed by BirdNET. The GBIF dataset consists of results from both classifiers where we included the best example from each detected species at each DROP. The eDNA analysis utilizes universal primers to detect plants and animals in one single assay for a comprehensive species identification. The experimental workflow allowed for high sample throughput at high quality. This was achieved through a universal, field-ready DNA extraction protocol, pooled library preparation, efficient library normalization strategy and real time analyses and species identification during sequencing. The protocol is suitable for metabarcoding and barcoding, as well as long-range PCR. The implementation of long-range PCR has the potential to inform about population individual composition enabled by Nanopore's unique long-read capabilities.

Metadatos adicionales

Descripción de mantenimiento The data set may be updated if further analysis results in additions or errors in the species classification.
Identificadores alternativos 10.15470/jjbagl
https://ipt.gbif.es/resource?r=upc-amazonia