The rhizosphere microbiome of burned holm-oak: potential role of the genus Arthrobacter in the recovery of burned soils

Última versión Publicado por Estación Experimental del Zaidín (CSIC) en Jan 13, 2021 Estación Experimental del Zaidín (CSIC)

Major bacterial agents in a Mediterranean holm-oak forest recovery after a fire

Registros

Los datos en este evento de muestreo recurso han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 6 registros. también existen 1 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

  • Event (core)
    6
  • Occurrence 
    14712

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Versiones

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Fernández González A J (2021): The rhizosphere microbiome of burned holm-oak: potential role of the genus Arthrobacter in the recovery of burned soils. v1.0. Estación Experimental del Zaidín (CSIC). Dataset/Samplingevent. https://doi.org/10.15470/hhahsj

Derechos

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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Estación Experimental del Zaidín (CSIC). This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

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Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 90cc5e31-5b36-4814-abc6-205cb3beb92c.  Estación Experimental del Zaidín (CSIC) publica este recurso, y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Spain.

Palabras Clave

Metadata; Arthrobacter

Contactos

¿Quién creó el recurso?:

Antonio José Fernández González
Posdoc
CSIC-Estación Experimental del Zaidín Granda ES

¿Quién puede resolver dudas acerca del recurso?:

Antonio José Fernández González
Posdoc
CSIC - Estación Experimental del Zaidín Granada ES
Manuel Fernández López
Tenured Scientist
CSIC - Estación Experimental del Zaidín Granada ES

¿Quién documentó los metadatos?:

Antonio José Fernández González

¿Quién más está asociado con el recurso?:

Usuario
Katia Cezón

Cobertura Geográfica

The soil samples were collected from Lanjarón, Sierra Nevada, Granada, Spain Undisturbed holm oak forest rhizosphere were collected at 1790 meters above sea level. Burned holm oak forest rhizosphere were collected at 1566 meters above sea level.

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [36.96, -3.46], Latitud Máxima Longitud Máxima [36.97, -3.46]

Cobertura Taxonómica

No hay descripción disponible

Dominio  Bacteria (Bacteria),  Archaea (Archaea)

Cobertura Temporal

Fecha Inicial 2008-04-24

Datos del Proyecto

El cambio global es un hecho constatado e incuestionable. Además de los procesos de tipo industrial existen otros factores, como los incendios forestales, que también contribuyen al calentamiento global dada la alta emisión de CO2 que producen. Disminuir la concentración de CO2 atmosférico, evitar su incremento o ayudar a su acumulación en la materia orgánica del suelo, se puede ver beneficiado por un correcto manejo del monte mediterráneo. Una rápida re-vegetación o recuperación de las formaciones autóctonas como son los encinares y robledales (Quercus ilex sp. rotundifolia y Q. pyrenaica) pueden ayudar en este sentido. Conocer las posibles etapas de modificación de estos bosques, expansión o regresión, por efecto del cambio climático también es importante, sobre todo si podemos contribuir a la progresión y al establecimiento de una mayor superficie de bosque. Los microorganismos del suelo son los responsables del cierre del ciclo biogeoquímico del carbono, contribuyendo además a la fertilidad del suelo y a la promoción del crecimiento vegetal. Por tanto en este proyecto se propone, la identificación de microorganismos indicadores que nos permitan seguir la evolución de la recuperación después de un incendio, la transición robledal-encinar y la progresión del robledal, como medida del cambio climático. Para ello se proponen los siguientes objetivos específicos: i) Análisis del fingerprint genético mediante TGGE de la diversidad microbiana y la redundancia funcional de fijación de N2 en los suelos bajo robles maduros y en progresión en alturas superiores. ii) Construcción y análisis de metagenomas de los suelos de encinar y robledal. iii) Secuenciación masiva del ADN ambiental extraído de un encinar y de un robledal maduros para la identificación de bioindicadores. iv) Monitorización, a los 2 y 4 años, de la evolución del encinar quemado y del robledal en progresión en altura mediante el empleo de los bioindicadores seleccionados.

Título Project-1.- Análisis de la diversidad procariótica asociada a quercíneas (Quercus ilex y Q. pyrenaica) para la identificación de biomarcadores asociados a la evolución post-incendio y al cambio climático en Sierra Nevada. Project-2.- Identificación de bioindicadores microbianos en la rizosfera de quercíneas (Quercus ilex y Q. pyrenaica) asociados a cambio climático y evolución post-incendio. Project-3.- Adaptación y mejora de la resiliencia del monte mediterráneo frente al cambio climático y los incendios forestales mediante el manejo de microorganismos rizosféricos.
Identificador OAPN 021/2007; P08-CVI-03549; 20134R069, RECUPERA 2020.
Fuentes de Financiación Department of Innovation, Science and Enterprise of the Autonomous Government of Andalusia; The National Parks Autonomous Body (Ministry of the Environment); the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness; and CSIC, including ERDF (European Regional Development Fund).
Descripción del Área de Estudio Sierra Nevada Natural and National Park, Granada, Spain.

Personas asociadas al proyecto:

Manuel Fernández López
Antonio José Fernández González
José Francisco Cobo-Díaz
Pablo José Villadas

Métodos de Muestreo

Three sampling plots were randomly chosen within each study site along transects of 1.0 km length. At the BOF and UOF sites, we sampled the rhizosphere of three trees per plot, each with a diameter of at least 15 cm at breast height and separated by at least 5 m. Sampling took place on April 29, 2008 (3 years after the wildfire). Both sites were on a south-facing steep slope. The rhizospheric samples were collected from from holm oak rhizosphere soils by following the tree’s main roots until young cork-free roots were found at a distance of less than 50 cm from the trunk. The soil attached to the roots was manually removed and the roots with rhizospheric soil were put into 50 ml Falcon tubes filled with 20 ml of sterilized NaCl 0.8%. After shaking 25 min at 150 rpm and room temperature, the roots were removed and the tubes were centrifuged at 12,850 g for 5 min. The pelleted soil was used to extract environmental DNA. On the other hand, we processed up to 2 kg of soil from each site, sieved through a 2 mm mesh, for physicochemical analysis including soil type, pH, available water, total nitrogen, organic matter, electrical conductivity, etc. All these analyses were carried out with standardized procedures at the Food and Agriculture Laboratory of the Andalusian regional government at Atarfe (Granada, Spain).

Área de Estudio The study area is located in the Sierra Nevada Natural and National Park (SE Spain), where a wildfire in September 2005 burned 3426.74 ha, including 412 ha of evergreen holm oaks (Q. ilex subsp. ballota). Soil samples were collected in the valley of the Lanjarón River where two sites were selected: one in an area directly affected by the wildfire (burned forest containing holm oak trees [BOF]) and a nearby site in evergreen, undisturbed oak forest (UOF)
Control de Calidad In each treatment, 3 healthy trees were taken in 3 independent plots, with more than 1km distance between them to have a representative sample of each site. The DNA from the 3 trees in the same plot was mixed before sequencing to obtain a homogeneous composite sample from each plot. Finally, 3 composite replicates were obtained from each site, BOF as a burn treatment and UOF as a control treatment.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. The methodological steps were publised in detail in the paper entitled: The rhizosphere microbiome of burned holm-oak: potential role of the genus Arthrobacter in the recovery of burned soils. With DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-017-06112-3

Datos de la Colección

Nombre de la Colección Comunidades rizosféricas de las encinas de Lanjarón tomadas en 2008
Identificador de la Colección LJN08
Identificador de la Colección Parental No aplica

Metadatos Adicionales

Identificadores Alternativos 10.15470/hhahsj
https://ipt.gbif.es/resource?r=zaidin-adn