The rhizosphere microbiome of burned holm-oak: potential role of the genus Arthrobacter in the recovery of burned soils

Записи данных

Данные этого sampling event ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 6 записей.

Также в наличии 1 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Fernández González A J (2022): The rhizosphere microbiome of burned holm-oak: potential role of the genus Arthrobacter in the recovery of burned soils. v1.3. Estación Experimental del Zaidín (CSIC). Dataset/Samplingevent. https://doi.org/10.15470/hhahsj

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Estación Experimental del Zaidín (CSIC). Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution (CC-BY 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 90cc5e31-5b36-4814-abc6-205cb3beb92c.  Estación Experimental del Zaidín (CSIC) отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF Spain.

Ключевые слова

Samplingevent; Samplingevent; Metadata; Arthrobacter

Контакты

Географический охват

The soil samples were collected from Lanjarón, Sierra Nevada, Granada, Spain Undisturbed holm oak forest rhizosphere were collected at 1790 meters above sea level. Burned holm oak forest rhizosphere were collected at 1566 meters above sea level.

Таксономический охват

Описание отсутсвует

Временной охват

Данные проекта

El cambio global es un hecho constatado e incuestionable. Además de los procesos de tipo industrial existen otros factores, como los incendios forestales, que también contribuyen al calentamiento global dada la alta emisión de CO2 que producen. Disminuir la concentración de CO2 atmosférico, evitar su incremento o ayudar a su acumulación en la materia orgánica del suelo, se puede ver beneficiado por un correcto manejo del monte mediterráneo. Una rápida re-vegetación o recuperación de las formaciones autóctonas como son los encinares y robledales (Quercus ilex sp. rotundifolia y Q. pyrenaica) pueden ayudar en este sentido. Conocer las posibles etapas de modificación de estos bosques, expansión o regresión, por efecto del cambio climático también es importante, sobre todo si podemos contribuir a la progresión y al establecimiento de una mayor superficie de bosque. Los microorganismos del suelo son los responsables del cierre del ciclo biogeoquímico del carbono, contribuyendo además a la fertilidad del suelo y a la promoción del crecimiento vegetal. Por tanto en este proyecto se propone, la identificación de microorganismos indicadores que nos permitan seguir la evolución de la recuperación después de un incendio, la transición robledal-encinar y la progresión del robledal, como medida del cambio climático. Para ello se proponen los siguientes objetivos específicos: i) Análisis del fingerprint genético mediante TGGE de la diversidad microbiana y la redundancia funcional de fijación de N2 en los suelos bajo robles maduros y en progresión en alturas superiores. ii) Construcción y análisis de metagenomas de los suelos de encinar y robledal. iii) Secuenciación masiva del ADN ambiental extraído de un encinar y de un robledal maduros para la identificación de bioindicadores. iv) Monitorización, a los 2 y 4 años, de la evolución del encinar quemado y del robledal en progresión en altura mediante el empleo de los bioindicadores seleccionados.

Исполнители проекта:

Методы сбора

Three sampling plots were randomly chosen within each study site along transects of 1.0 km length. At the BOF and UOF sites, we sampled the rhizosphere of three trees per plot, each with a diameter of at least 15 cm at breast height and separated by at least 5 m. Sampling took place on April 29, 2008 (3 years after the wildfire). Both sites were on a south-facing steep slope. The rhizospheric samples were collected from from holm oak rhizosphere soils by following the tree’s main roots until young cork-free roots were found at a distance of less than 50 cm from the trunk. The soil attached to the roots was manually removed and the roots with rhizospheric soil were put into 50 ml Falcon tubes filled with 20 ml of sterilized NaCl 0.8%. After shaking 25 min at 150 rpm and room temperature, the roots were removed and the tubes were centrifuged at 12,850 g for 5 min. The pelleted soil was used to extract environmental DNA. On the other hand, we processed up to 2 kg of soil from each site, sieved through a 2 mm mesh, for physicochemical analysis including soil type, pH, available water, total nitrogen, organic matter, electrical conductivity, etc. All these analyses were carried out with standardized procedures at the Food and Agriculture Laboratory of the Andalusian regional government at Atarfe (Granada, Spain).

Описание этапа методики:

1. The methodological steps were publised in detail in the paper entitled: The rhizosphere microbiome of burned holm-oak: potential role of the genus Arthrobacter in the recovery of burned soils. With DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-017-06112-3

Данные коллекции

Дополнительные метаданные