Base de datos del Inventario Nacional In Situ de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario

José María Iriondo Alegría1

1 Universidad Rey Juan Carlos, Tulipán s/n, 28933, Móstoles, Spain

Corresponding author(s): José María Iriondo Alegría (jose.iriondo@urjc.es)

Received {date}; Revised {date}; Accepted {date}; Published {date}

Citation: Combination of authors, year of data paper publication (in parentheses), Title, Journal Name, Volume, Issue number (in parentheses), and doi of the data paper.

Resource Citation

Iriondo Alegría J M (2023). Base de datos del Inventario Nacional In Situ de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario. Version 1.0. Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación. Metadata dataset. https://doi.org/10.15470/5ja7j3 https://doi.org/10.15470/5ja7j3

Abstract

El propósito de esta colección es el desarrollo de una base de datos para el Inventario Nacional in situ de Parientes Silvestres de los Cultivos (PSC) y Plantas Silvestres de Uso Alimentario (PSUA) de España, siguiendo los principios FAIR. Esta base de datos debe servir para gestionar la conservación in situ de estos recursos fitogenéticos en España y potenciar su utilización. Igualmente se pretende que, desde esta base de datos, España contribuya con esta información sobre conservación in situ de poblaciones de PSC y PSUA del país, a la base de datos EURISCO que recoge información sobre la conservación de los recursos fitogenéticos en Europa (https://eurisco.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=103:1:0) y a la base de datos del Sistema Mundial de Información sobre Recursos Fitogenéticos (GLIS) (https://www.fao.org/plant-treaty/areas-of-work/global-information-system/es/) de la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO).
Los objetivos del proyecto son: 
-	Diseñar y crear una base de datos de acceso abierto siguiendo los principios FAIR
-	Reunir la información existente sobre distribución, acciones de conservación y uso potencial de PSC/PSUA listados en el Catálogo de la Estrategia Nacional para la Conservación y Utilización de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario
-	Editar la información reunida de acuerdo con estándares de calidad específicos
-	Integrar información de diferentes fuentes de origen bajo una estructura común
-	Realizar un análisis de faltantes y un análisis de complementariedad al objeto de identificar las localidades de mayor relevancia para la conservación in situ de estos recursos.
-	Proporcionar a EURISCO y a GLIS datos sobre las reservas genéticas de PSC/PSUA existentes en España, poblaciones adicionales que están siendo conservadas in situ activamente y lugares candidatos para el establecimiento de reservas genéticas.
Los datos recogidos en el Inventario Nacional In Situ de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario contienen: 
-	Datos taxonómicos y nomenclaturales relativos a 521 especies de PSC y PSUA identificadas como prioritarias en la Estrategia Nacional para la Conservación y Utilización de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario.
-	Datos biológicos, ecológicos y de utilización en mejora genética vegetal de un subconjunto de las especies citadas.
-	Datos poblacionales que incluyen identificadores únicos para cada población, información geográfica, temporal y tipo de hábitat y condiciones ambientales de la población.
-	Inventario y datos de conservación y gestión: incluye información sobre las poblaciones seleccionadas como parte del Inventario Nacional, la accesibilidad al germoplasma a través del sistema multilateral de la FAO y sobre la gestión de cada población, incluyendo los nombres e identificadores de las instituciones a cargo. Para todas las poblaciones de las 521 especies se proporciona información sobre su conservación, indicando si se encuentran en un área protegida, así como las acciones de conservación in situ existentes y su conservación en bancos de germoplasma.
-	Registros de ocurrencia y descripción de la localidad: contiene descriptores básicos sobre los registros e información corológica sobre las observaciones registradas para las diferentes especies.
-	Datos de herbario: contiene información sobre los especímenes de herbario recolectados y almacenados en herbarios, en relación con los registros de ocurrencia.
-	Metadatos de descubrimiento (discovery metadata): una descripción informativa general sobre el dataset creado.

Keywords: parientes silvestres de los cultivos, plantas silvestres de uso alimentario, recursos fitogenéticos, metadatos, Metadata

General description

Purpose: El propósito de esta colección es el desarrollo de una base de datos para el Inventario Nacional in situ de Parientes Silvestres de los Cultivos (PSC) y Plantas Silvestres de Uso Alimentario (PSUA) de España, siguiendo los principios FAIR. Esta base de datos debe servir para gestionar la conservación in situ de estos recursos fitogenéticos en España y potenciar su utilización. Igualmente se pretende que, desde esta base de datos, España contribuya con esta información sobre conservación in situ de poblaciones de PSC y PSUA del país, a la base de datos EURISCO que recoge información sobre la conservación de los recursos fitogenéticos en Europa (https://eurisco.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=103:1:0) y a la base de datos del Sistema Mundial de Información sobre Recursos Fitogenéticos (GLIS) (https://www.fao.org/plant-treaty/areas-of-work/global-information-system/es/) de la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO).
Additional information: Se puede obtener más información sobre las actividades de conservación de los PSC y PSUA en la siguiente página web del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación: https://www.mapa.gob.es/es/agricultura/temas/medios-de-produccion/semillas-y-plantas-de-vivero/fitogeneticos_agricultura_alimentacion/Estrategia_PSC_PSUA.aspx

Project details

Project title: Realización de trabajos de desarrollo de la Estrategia Nacional de Conservación de parientes silvestres de especies cultivadas y plantas silvestres de uso alimentario
Personnel: José María Iriondo, Carlos Lara, Elena Torres, Dolores Cuadra, María Luisa Rubio, Guillermo Asens, Fernando Pomeda, Ada Molina, Alfredo García
Funding: - Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación
- European Cooperative Programme for Plant Genetic Resources
Study area descriptions/descriptor: El objeto de estudio son 521 especies de parientes silvestres de los cultivos y/o plantas silvestres de uso alimentario que han sido priorizadas en la Estrategia Nacional para la Conservación y Utilización de Parientes Silvestres de Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario de España. Todas son plantas vasculares con semillas (Spermatophyta). Las familias con mayor representación son Fabaceae, Lamiaceae, Poaceae, Rosaceae, Amaryllidaceae, Asteraceae, Brassicaceae y Caryophyllaceae. El ámbito geográfico del proyecto es España. Contiene registros de observación de estas plantas que datan de 1716 hasta 2022.
Design description: El proyecto va a llevar a cabo las siguientes acciones:
1. Inventario de PSC y PSUA prioritarios de España incluyendo información sobre su corología, rasgos biológicos y ecológicos así como información sobre su uso en fitomejoramiento.
2. Evaluación del estado de conservación in situ de los PSC y PSUA prioritarios de España. Análisis y propuesta de ubicaciones prioritarias para el establecimiento de una red de 40 reservas genéticas para su conservación in situ.
3. Evaluación de la representatividad y estado de conservación del germoplasma de PSC y PSUA prioritarios de España en bancos de germoplasma. Análisis y propuesta de una estrategia optimizada de recolección de semillas con al menos 40 ubicaciones prioritarias para su preservación en bancos de germoplasma.
4. Análisis de riesgos e impactos del cambio climático sobre la distribución de especies prioritarias de PSC y PSUA y sus efectos sobre la diversidad genética.
5. Identificación y verificación in situ de al menos 10 puntos críticos correspondientes a las ubicaciones prioritarias seleccionadas en el punto 2.
6. Generación de un protocolo para el establecimiento de reservas genéticas con los requisitos y estándares de calidad adecuados.
7. Establecimiento de una reserva genética multiespecífica en un área protegida. Elaboración de un Plan de Gestión y Monitoreo  de la reserva genética de acuerdo a las características y limitaciones específicas del sitio.

Data published through GBIF: https://ipt.gbif.es/resource?r=psc-psua

Taxonomic coverage

General taxonomic coverage description: Esta base de datos contiene información sobre 521 especies prioritarias de parientes silvestres de cultivos y plantas silvestres de uso alimentario nativas de España. Las familias con mayor representación son Fabaceae, Lamiaceae, Poaceae, Rosaceae, Amaryllidaceae, Asteraceae, Brassicaceae y Caryophyllaceae.
Taxonomic ranks
Phylum: Spermatophyta
Common names: Vascular plants with seeds

Spatial coverage

General spatial coverage: La cobertura geográfica de este recurso es España
Coordinates: 27°12'57.6''N and 44°9'3.6''N Latitude; 19°14'52.8''W and 5°32'13.2''E Longitude 

Temporal coverage: January 1, 1716 - November 14, 2022

Natural collections description

Parent collection identifier: No aplica
Collection name: Inventario Nacional in situ de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario

Methods

Method step description: La información corológica se ha obtenido mayoritariamente de la plataforma de GBIF, habiéndose completado con información procedente de múltiples fuentes (herbarios, bases de datos de biodiversidad autonómicas, publicaciones, etc.). Toda la información corológica se ha procesado a través del establecimiento de unos filtros de calidad de la georreferenciación, eliminándose aquellos registros con coordenadas geográficas erróneas o de baja precisión. Se han seleccionado las variables más útiles desde la perspectiva de la conservación y utilización en mejora genética de las poblaciones. Se ha utilizado un script del entorno estadístico R y un sistema de información geográfica para definir el concepto de población a partir de los registros de observaciones, de manera que los registros que distan menos de 500m entre sí se consideran parte de una misma población. De la misma manera, se han incluido atributos adicionales de tipo geográfico y ambiental obtenidos a partir de capas temáticas mediante las coordenadas geográficas. La información de rasgos biológicos, ecológicos y de utilidad en mejora genética vegetal se ha obtenido de diversas fuentes. Las más relevantes son: 
 -	Floras que recogen información diversa sobre las especies objeto de estudio: 
o	Flora Iberica 
o	Flora Vascular de Andalucía Occidental 
o	Flora Vascular de Andalucía Oriental 
o	Atlas de la Flora del Pirineo 
o	Atlas Digital de Semillas de las Islas Canarias 
o	Especies Vegetales en Canarias 
o	Flora Canaria 
o	CanariWiki, Gobierno de Canarias 
-	Libros monográficos sobre mejora genética de cultivos:
o	Especialmente la colección Wild Crop Relatives. Genomic and Breeding Resources. Springer (10 volúmenes)
-	Bases de datos de flora que contienen información sobre los rasgos de interés: 
o	Pladias : Database of the Czech Flora and Vegetation (Chytrý et al., 2021)
o	TRY : Plant Trait Database 
o	Ecological Flora of Britain and Ireland 
o	BROT  
o	Plants For A Future  
o	The LEDA Traitbase  
o	CCDB: Chromosome counts database  
o	FloraVeg.EU 
o	Crop Wild Relatives GRIN Global  
o	The Harlan and de Wet inventory  

Estas fuentes de datos han facilitado información sobre determinados rasgos y para aquellas especies del Catálogo prioritario de PSC y PSUA que aparecen recogidas. Para el resto de los rasgos y especies se ha llevado a cabo una búsqueda bibliográfica individualizada por especie y rasgo, recopilando los artículos de investigación que contienen la información deseada.
Study extent description: Información corológica, biológica, ecológica y de utilidad en la mejora genética de 521 especies prioritarias de parientes silvestres de los cultivos y plantas silvestres de uso alimentario definidas en la Estrategia Nacional. Área geográfica: España. Límites temporales: desde 1716 hasta nuestros días. Primera recolección de datos corológicos: noviembre de 2022. Primera recolección de datos biológicos, ecológicos y de mejora vegetal: agosto de 2023. Actualización continuada de nueva información durante el periodo de vigencia del proyecto hasta 2026.
Sampling description: Se han realizado sucesivas búsquedas de información corológica, biológica, ecológica y de utilidad en mejora genética a partir de diversas fuentes de datos bibliográficas y bases de datos globales, nacionales y autonómicas.
Quality control description: • Utilización de herramientas para chequeos automáticos
• Datos que se conforman al formato especificado
• Verificación de la consistencia con modelos de datos y estándares
Se dispondrá de un esquema descrito en la herramienta de diseño Vertabelo con la descripción de cada campo junto con la validación de los datos en MongoDB de todas las colecciones, utilizando para ello Schema Validation (https://www.mongodb.com/docs/manual/core/schema-validation/).

Metadata language: Spanish
Date of metadata creation: 2023-08-24
Hierarchy level: Dataset