Tree cavities as keystone microhabitats: ecosystem function and conservation in Iberian quercus forests (Fungi)

Событие Наблюдение
Последняя версия опубликовано Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC) окт. 13, 2026 Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC)
Дата публикации:
13 октября 2026 г.
Лицензия:
CC-BY-NC 4.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 7 933 Записи в English (270 KB) - Частота обновления: по мере необходимости
Метаданные в формате EML Скачать в English (21 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в English (11 KB)

Описание

This dataset contains records based on ITS metabarcoding data generated from drilled wood samples collected from holm oak (Quercus ilex) cavities in two Iberian Mediterranean forests (Cabañeros and Monfragüe National Parks). The goal of the study is to characterize fungal communities associated with cavity formation and wood decay and to improve understanding of the biological processes contributing to cavity development in oak ecosystems. ITS sequences were curated by removing of chimeric and non-fungal sequences. This research was supported by grant the National Parks Project (SPIP2023-029955) with Jesus M. Avilés as principal investigator and Maria Prieto & Ibai Olariaga as collaborators in the fungal part of the project.

Записи данных

Данные этого находка ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 7 933 записей.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Tree cavities as keystone microhabitats: ecosystem function and conservation in Iberian quercus forests (Fungi)

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC). Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 0d2f3b66-8e5f-4632-8aa9-54fbfdd6d36b.  Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC) отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке GBIF Spain.

Ключевые слова

Samplingevent; metabarcoding; cavity; forest management; biodiversity; Quercus rotundifolia; Observation

Контакты

Jesús María Avilés
  • Originator ●
  • Point Of Contact
Estacion Experimental de Zonas Aridas (EEZA-CSIC)
04120 La Cañada de San Urbano
Murcia
ES
Ibai Olariaga Ibarguren
  • Originator
Universidad Rey Juan Carlos
28933 Móstoles
Madrid
ES
María Prieto Álvaro
  • Originator ●
  • Point Of Contact
Universidad Rey Juan Carlos
28933 Móstoles
Madrid
ES
Ibai Olariaga
  • Point Of Contact
Universidad Rey Juan Carlos
28933 Móstoles
Madrid
ES
  • 653731811

Географический охват

Cabañeros y Monfragüe National parks

Ограничивающие координаты Юг Запад [-90, -180], Север Восток [90, 180]

Таксономический охват

N/A

Kingdom Fungi
Phylum Blastocladiomycota, Mucoromycota, Sanchytriomycota, Glomeromycota, Ascomycota, Basidiomycota, Chytridiomycota
Class Rhizophydiomycetes, Wallemiomycetes, Tremellomycetes, Atractiellomycetes, Mortierellomycetes, Microbotryomycetes, Glomeromycetes, Malasseziomycetes, Dothideomycetes, Candelariomycetes, Eurotiomycetes, Lecanoromycetes, Chytridiomycetes, Exobasidiomycetes, Sordariomycetes, Saccharomycetes, Sanchytriomycetes, Mucoromycetes, Dacrymycetes, Arthoniomycetes, Agaricomycetes, Cystobasidiomycetes, Ustilaginomycetes, Taphrinomycetes, Pezizomycetes, Xylonomycetes, Leotiomycetes, Orbiliomycetes, Agaricostilbomycetes

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2024-05-13 / 2024-05-16

Данные проекта

Описание отсутсвует

Название Impacto global sobre la formación de cavidades y la diversidad oculta en Parques Mediterráneos
Идентификатор SPIP2023-029955
Финансирование Ministerio para la Transicion Ecologica y el Reto Demografico. Organismo autonomo de Parques Nacionales

Исполнители проекта:

Jesús M. Avilés Regodón
  • Author

Методы сбора

Metabarcoding of wood samples from tree cavities, extracted using an sterilized drill

Охват исследования Cabañeros and Monfragüe National Parks. Selected old Quercus rotundifolia stands

Описание этапа методики:

  1. Sampels were obtained using an sterilized drill. DNA was extracted from each sample using the DNeasy PowerSoil Pro kit (Qiagen). The fungal ITS2 region (~330 bp) was amplified using primers ITS3 and ITS4 in a two-step PCR protocol enabling sample multiplexing. Libraries were purified, quantified, pooled in equimolar amounts, and sequenced on a NovaSeq PE250 platform (Illumina), targeting ~4 Gb total output. Adapter removal and primer trimming were performed with Cutadapt. Sequence quality was assessed using FastQC and summarized with MultiQC (Ewels et al. 2016). Reads were quality filtered, denoised, merged, and chimera-checked using DADA2. Amplicon sequence variants were clustered into OTUs at 97 % similarity using DECIPHER to account for multiple ITS copies within fungal genomes as well as intraspecific sequence variation. Taxonomic assignment was performed against the UNITE database using the DADA2 classifier and independently validated using the GBIF Sequence ID tool with BLASTN searches. Final taxonomy was curated combining both approaches, field observations, and phylogenetic analyses.

Дополнительные метаданные

Благодарности
Цель
Описание частоты обновления ресурса Actualización de los datos o adición de algún campo si es necesario
Альтернативные идентификаторы 10.15470/krdxel
0d2f3b66-8e5f-4632-8aa9-54fbfdd6d36b
https://ipt.gbif.es/resource?r=cavdivfungi