Description
Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 7 933 enregistrements.
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Versions
Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Tree cavities as keystone microhabitats: ecosystem function and conservation in Iberian quercus forests (Fungi)
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC). Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : 0d2f3b66-8e5f-4632-8aa9-54fbfdd6d36b. Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC) publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF Spain.
Mots-clé
Samplingevent; metabarcoding; cavity; forest management; biodiversity; Quercus rotundifolia; Observation
Contacts
- Créateur ●
- Personne De Contact
https://orcid.org/0000-0002-1463-8393
- Créateur
- Créateur ●
- Personne De Contact
- Personne De Contact
Couverture géographique
Cabañeros y Monfragüe National parks
| Enveloppe géographique | Sud Ouest [-90, -180], Nord Est [90, 180] |
|---|
Couverture taxonomique
N/A
| Kingdom | Fungi |
|---|---|
| Phylum | Blastocladiomycota, Mucoromycota, Sanchytriomycota, Glomeromycota, Ascomycota, Basidiomycota, Chytridiomycota |
| Class | Rhizophydiomycetes, Wallemiomycetes, Tremellomycetes, Atractiellomycetes, Mortierellomycetes, Microbotryomycetes, Glomeromycetes, Malasseziomycetes, Dothideomycetes, Candelariomycetes, Eurotiomycetes, Lecanoromycetes, Chytridiomycetes, Exobasidiomycetes, Sordariomycetes, Saccharomycetes, Sanchytriomycetes, Mucoromycetes, Dacrymycetes, Arthoniomycetes, Agaricomycetes, Cystobasidiomycetes, Ustilaginomycetes, Taphrinomycetes, Pezizomycetes, Xylonomycetes, Leotiomycetes, Orbiliomycetes, Agaricostilbomycetes |
Couverture temporelle
| Date de début / Date de fin | 2024-05-13 / 2024-05-16 |
|---|
Données sur le projet
Pas de description disponible
| Titre | Impacto global sobre la formación de cavidades y la diversidad oculta en Parques Mediterráneos |
|---|---|
| Identifiant | SPIP2023-029955 |
| Financement | Ministerio para la Transicion Ecologica y el Reto Demografico. Organismo autonomo de Parques Nacionales |
Les personnes impliquées dans le projet:
Méthodes déchantillonnage
Metabarcoding of wood samples from tree cavities, extracted using an sterilized drill
| Etendue de létude | Cabañeros and Monfragüe National Parks. Selected old Quercus rotundifolia stands |
|---|
Description des étapes de la méthode:
- Sampels were obtained using an sterilized drill. DNA was extracted from each sample using the DNeasy PowerSoil Pro kit (Qiagen). The fungal ITS2 region (~330 bp) was amplified using primers ITS3 and ITS4 in a two-step PCR protocol enabling sample multiplexing. Libraries were purified, quantified, pooled in equimolar amounts, and sequenced on a NovaSeq PE250 platform (Illumina), targeting ~4 Gb total output. Adapter removal and primer trimming were performed with Cutadapt. Sequence quality was assessed using FastQC and summarized with MultiQC (Ewels et al. 2016). Reads were quality filtered, denoised, merged, and chimera-checked using DADA2. Amplicon sequence variants were clustered into OTUs at 97 % similarity using DECIPHER to account for multiple ITS copies within fungal genomes as well as intraspecific sequence variation. Taxonomic assignment was performed against the UNITE database using the DADA2 classifier and independently validated using the GBIF Sequence ID tool with BLASTN searches. Final taxonomy was curated combining both approaches, field observations, and phylogenetic analyses.
Métadonnées additionnelles
| Remerciements | |
|---|---|
| Objet | |
| Description de la fréquence de mise à jour | Actualización de los datos o adición de algún campo si es necesario |
| Identifiants alternatifs | 10.15470/krdxel |
| 0d2f3b66-8e5f-4632-8aa9-54fbfdd6d36b | |
| https://ipt.gbif.es/resource?r=cavdivfungi |