Tree cavities as keystone microhabitats: ecosystem function and conservation in Iberian quercus forests (Fungi)

Registro biológico Observación
Última versión publicado por Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC) el oct 13, 2026 Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC)
Fecha de publicación:
13 de octubre de 2026
Licencia:
CC-BY-NC 4.0

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Descripción

This dataset contains records based on ITS metabarcoding data generated from drilled wood samples collected from holm oak (Quercus ilex) cavities in two Iberian Mediterranean forests (Cabañeros and Monfragüe National Parks). The goal of the study is to characterize fungal communities associated with cavity formation and wood decay and to improve understanding of the biological processes contributing to cavity development in oak ecosystems. ITS sequences were curated by removing of chimeric and non-fungal sequences. This research was supported by grant the National Parks Project (SPIP2023-029955) with Jesus M. Avilés as principal investigator and Maria Prieto & Ibai Olariaga as collaborators in the fungal part of the project.

Registros

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Versiones

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Tree cavities as keystone microhabitats: ecosystem function and conservation in Iberian quercus forests (Fungi)

Derechos

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Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 0d2f3b66-8e5f-4632-8aa9-54fbfdd6d36b.  Estación Experimental de Zonas Áridas (CSIC) publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Spain.

Palabras clave

Samplingevent; metabarcoding; cavity; forest management; biodiversity; Quercus rotundifolia; Observation

Contactos

Jesús María Avilés
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
Estacion Experimental de Zonas Aridas (EEZA-CSIC)
04120 La Cañada de San Urbano
Murcia
ES
Ibai Olariaga Ibarguren
  • Originador
Universidad Rey Juan Carlos
28933 Móstoles
Madrid
ES
María Prieto Álvaro
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
Universidad Rey Juan Carlos
28933 Móstoles
Madrid
ES
Ibai Olariaga
  • Punto De Contacto
Universidad Rey Juan Carlos
28933 Móstoles
Madrid
ES
  • 653731811

Cobertura geográfica

Cabañeros y Monfragüe National parks

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-90, -180], Latitud Máxima Longitud Máxima [90, 180]

Cobertura taxonómica

N/A

Reino Fungi
Filo Blastocladiomycota, Mucoromycota, Sanchytriomycota, Glomeromycota, Ascomycota, Basidiomycota, Chytridiomycota
Class Rhizophydiomycetes, Wallemiomycetes, Tremellomycetes, Atractiellomycetes, Mortierellomycetes, Microbotryomycetes, Glomeromycetes, Malasseziomycetes, Dothideomycetes, Candelariomycetes, Eurotiomycetes, Lecanoromycetes, Chytridiomycetes, Exobasidiomycetes, Sordariomycetes, Saccharomycetes, Sanchytriomycetes, Mucoromycetes, Dacrymycetes, Arthoniomycetes, Agaricomycetes, Cystobasidiomycetes, Ustilaginomycetes, Taphrinomycetes, Pezizomycetes, Xylonomycetes, Leotiomycetes, Orbiliomycetes, Agaricostilbomycetes

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2024-05-13 / 2024-05-16

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Título Impacto global sobre la formación de cavidades y la diversidad oculta en Parques Mediterráneos
Identificador SPIP2023-029955
Fuentes de Financiación Ministerio para la Transicion Ecologica y el Reto Demografico. Organismo autonomo de Parques Nacionales

Personas asociadas al proyecto:

Jesús M. Avilés Regodón
  • Autor

Métodos de muestreo

Metabarcoding of wood samples from tree cavities, extracted using an sterilized drill

Área de Estudio Cabañeros and Monfragüe National Parks. Selected old Quercus rotundifolia stands

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Sampels were obtained using an sterilized drill. DNA was extracted from each sample using the DNeasy PowerSoil Pro kit (Qiagen). The fungal ITS2 region (~330 bp) was amplified using primers ITS3 and ITS4 in a two-step PCR protocol enabling sample multiplexing. Libraries were purified, quantified, pooled in equimolar amounts, and sequenced on a NovaSeq PE250 platform (Illumina), targeting ~4 Gb total output. Adapter removal and primer trimming were performed with Cutadapt. Sequence quality was assessed using FastQC and summarized with MultiQC (Ewels et al. 2016). Reads were quality filtered, denoised, merged, and chimera-checked using DADA2. Amplicon sequence variants were clustered into OTUs at 97 % similarity using DECIPHER to account for multiple ITS copies within fungal genomes as well as intraspecific sequence variation. Taxonomic assignment was performed against the UNITE database using the DADA2 classifier and independently validated using the GBIF Sequence ID tool with BLASTN searches. Final taxonomy was curated combining both approaches, field observations, and phylogenetic analyses.

Metadatos adicionales

Agradecimientos
Propósito
Descripción de mantenimiento Actualización de los datos o adición de algún campo si es necesario
Identificadores alternativos 10.15470/krdxel
0d2f3b66-8e5f-4632-8aa9-54fbfdd6d36b
https://ipt.gbif.es/resource?r=cavdivfungi